|
BCM-2003-C
|
Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique
Répondue par : Mathieu Courcelles
|
2008-04-03
|
Question
#479
|
Rebonjour,
Je viens de créer avec un autre étudiant une super feuille de calcul excel afin de calculer entre deux pics quel acide aminé (ou couple d'acide aminé, ex: SS) serait le plus probable (donc dont la différence est la plus proche de 0, idéalement +-0.8).
Nous avons essayé, je ne sais trop combien de fois avec le spectre 3 de trouver une séquence qui pourrait correspondre à la séquence protéique donné. Nous venons d'essayer de nouveau avec le spectre 1 toujours sans succès (à moins qu'une séquence continue de 3 AA soit suffisante).
Nous venons également de discuter avec 3 autres étudiants qui n'arrivent eux aussi toujours à rien... Est-ce qu'il y a quelquechose de vraiment flagrant qui nous échappe ?
Un indice ou des informations supplémentaires seraient vraiment appréciées.
Un gros merci,
|
|
Réponse
|
Une piste de solution pour le spectre 1 est d'utiliser les 4 pics les plus abondants. Ils font parti de la même série. Vous aurez donc une séquence de trois acides aminés que vous pourrez alors chercher dans la séquence protéique fournit. N'oubliez pas, une série d'ions b se lira du N au C term et l'inverse pour la série d'ions y. Une fois que vous avez localiser le tag de 3 acides aminés dans la séquence (il se peut qu'il soit présent à plus d'un endroit), vous avez des suggestions sur quel acide aminé suit. Allez vérifiez ensuite si un pic est présent dans le spectre.
Le spectre 3 est un peu moins évident. Le pic le plus abondant peut être encore un point de départ pour trouver un tag d'acide aminé. Notez que certains ions b et un y sont en très faible abondances.
|
| Informations |
Question consultée 4424 fois. | 3508 votes, Moyenne 3/5.0 | À vous de voter => min      max |
|
Étudiants
