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BCM-2003-C Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-23
Question
#487
Merci pour la réponse précédente. Par contre, il y a quelque chose qui me tracasse.

Lorsqu'il faut compter le nombre de peptide pour chaque protéine (la tâche #2), il y a un TRÈS grand nombre de protéines dans le fichier cvs et tous les énumérer un par un avec le nombre de peptides pour chacun remplirait 50 pages (et ce seulement pour le fichier control!!!!). On s'entend que sa dépasse la limite de 15 pages! :P Est-ce moi qui a mal compris la question ou faut-il vraiment remettre ce grand nombre de données?

De plus, lorsqu'il faut compter le nombre de peptide pour chaque protéine, faut-il inclure les r-IPI aussi?

Merci encore!! 
Informations Question consultée 2007 fois. | 1454 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-C Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-22
Question
#486
Bonjour Mathieu,

j'ai d'autre question concernant le projet. Le résumé doit-il être écrit en anglais comme le précise le plan de cours?

En ce qui concerne l'introdution, devrions nous parler de MAP kinase et MEK1/2 en détails ou faudrait-il mettre plus d'emphase sur le parcours utilisé pour faire le project?

Aussi, c'est quoi exactement qu'il faut comparer avec les résultats de Mascot? Si le logiciel a trouvé les même peptides pour les 2 fichiers pour chaque protéines?

Enfin, serait-il possible de faire un petit resumé pour savoir comment utilisé Ensembl Biomart vu que nous l'avions pas vu en cours?

C'est tout pour le moment.

Merci beacoup!! 
Informations Question consultée 1964 fois. | 1440 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-C Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-16
Question
#485
Bonjour,

j'ai une petite question en ce qui concerne le projet en proteomique. Quels sont les parametres qu'il faut utiliser lors de la recherche MS/MS et Motif X? Est-ce les meme que lors du devoir 3b? Travaillons-nous toujours avec des rats?

Merci! 
Informations Question consultée 1941 fois. | 1422 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-C Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-08
Question
#484
Bonjour,

Il est possible avec Motif-X de fournir des séquences au fomat FASTA non aligées ou des séquences préalignées si je comprends bien. Est-ce qu'on doit fournir la liste des peptides brutes de fonderie ou alors préciser la position des aa dans les peptides qui sont phosphorylés?

Merci 
Informations Question consultée 1914 fois. | 1407 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-C Envoyée par : Isabelle Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-08
Question
#483
Encore des questions!

Je n'arrive pas a trouver des motifs dans la litérature pour les kinases. Bien souvent il y a plein de termes compliqués comme (acidophilic, PDZ domain, protein dependant, etc), plusieurs cathégories et on a rien vu de cela a date! Et si je cherche les motifs que Motif-X m'a donné dans PPSP je recoit beaucoup trop de réponses pour chaqu'un.. (je remplace les "." par des X ... donc un motif ressemble a XXXSTXXX ect)--- déja que Motif-X en retourne beaucoup pour la Sérine...

Certains autres site web requierent des séquences plus longues que les peptides que nous avons....

Le site web scansite est incomprhénsible et il prend un format de fichier que nous n'avons pas --- j'ai été voir dans le tutorial est voici le genre d'explication qu'on y trouve "The motif found, and thus a predicted interaction. For example, the motif "Fyn_SH2" indicates that a tyrosine residue on the input protein, once phosphorylated, is recognized by the SH2 domain of the kinase Fyn. "
Et franchement je n'ai aucune idée où ils ont pêché que Fyn parle de tyrosine ...

J'aurais bien aimé avoir vu ces choes en cours... j'ai aucune idée de ce que je suis en train de faire. : ( Toute ce paragraph sur les motifs m'échappe et la remise est bientot--- 
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BCM-2003-C Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-08
Question
#482
Bonjour,

Est-il normal que la recherche avec MASCOT prenne plusieurs heures? Le calcul est toujours en cours (46%) depuis presque 2 heures?

Pour les modifications j'ai sélectionné Carbaminomethyl, Deamidation, Phospho (STY) et Oxydation M et Oxydation HW.

Merci


 
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BCM-2003-C Envoyée par : Isabelle Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-07
Question
#481
Bonjour encore,
je veux calculer les phosphoprotéines mais j'ai oublié ou cette information est écrite. Je asis que la colonne 15 indique quels peptides sont phosphorilés mais j'imagine qu'une protéine peut etre phosphorilé sans que touts ces peptides ne le soient. Il y a la colonne 3 qui a "phospho_long" d'écrit mais je ne sais pas si cette information veut dire quelquechose.

ceci m'amène vers une autre question, quand nous avons calculer le taux de faux positifs dans le TP nous avons fait le quotien des r-IPI avec les IPI mais ceux-ci doivent ils avoir des peptides uniques ou non? Je crois bien que nous n'avons pas fait de recherche de peptides uniques avant de faire ce calcul...  
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BCM-2003-C Envoyée par : Isabelle Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-07
Question
#480
Bonjour,
pour le devoir3b
Nous avons utilisé CVS Report Script pour créer un rapport de Mascot. En regardant ce fichier dans la colonne A, je me suis rendu compte qu'il y avait une marque "Unassigned peptides" et que les peptides qui s'en suit n'ont pas de Proteine Score, PubmedID, Seq coverage,etc MAIS pourtant ils ont un numéro IPI quand même.
Je me souviens que dans le TP nous avions aussi ces entrés mais est-il vraiment valable de les calculer quand on calcule le nombre de protéines/peptides/faux positifs?

Merci

 
Informations Question consultée 1835 fois. | 1329 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-C Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-03
Question
#479
Rebonjour,

Je viens de créer avec un autre étudiant une super feuille de calcul excel afin de calculer entre deux pics quel acide aminé (ou couple d'acide aminé, ex: SS) serait le plus probable (donc dont la différence est la plus proche de 0, idéalement +-0.8).

Nous avons essayé, je ne sais trop combien de fois avec le spectre 3 de trouver une séquence qui pourrait correspondre à la séquence protéique donné. Nous venons d'essayer de nouveau avec le spectre 1 toujours sans succès (à moins qu'une séquence continue de 3 AA soit suffisante).

Nous venons également de discuter avec 3 autres étudiants qui n'arrivent eux aussi toujours à rien... Est-ce qu'il y a quelquechose de vraiment flagrant qui nous échappe ?

Un indice ou des informations supplémentaires seraient vraiment appréciées.

Un gros merci,
 
Informations Question consultée 1978 fois. | 1492 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-C Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-02
Question
#478
Bonjour Mathieu,

J'ai beau essayer avec deux autres étudiants à comprendre comment analyser manuellement les spectres MS/MS (sans se baser sur une méthode d'essaies/erreurs à l'aide de la séquence de la protéine), mais sans succès.

Nous avons trouvé un tutoriel en ligne à l'adresse suivante :
http://www.ionsource.com/tutorial/DeNovo/protocol.htm

mais nous ne comprenons pas comment calculer la valeur de (M+H)1+, qui correspond en fait si nous avons bien compris au poids total du peptide. En effet, dans l'exercice proposé par l'auteur, cette donnée est toujours présente. Par la suite, il suffit de calculer les valeurs soit en suivant la série b ou y.

est-ce que tu pourrais nous aider un peu,

merci
 
Informations Question consultée 1709 fois. | 1254 votes, Moyenne 3/5.0
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