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BCM-2003-C Envoyée par : Mathieu Courcelles Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-03-29
Question
#477
Pouvez-vous indiquez le mz des pics manquants pour le devoir 3a? 
Informations Question consultée 1961 fois. | 1433 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-A Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Béatrice Roure 2008-02-12
Question
#476
Bonjour, j'ai quelques questions sur le devoir1c.

Pour le tableau Bootstrap...je ne comprend pas ce qu'il faut faire:

Premierement, d'ou voulez-vous qu'on prenne les "3 noeuds intéressants pour étudier les liens de parenté entre les groupes monophylétiques"?

Deuxiemement, quelles sont les valeurs que nous devons mettre dans le tableau?
______________________________________

Finalement, a la page 21, quand vous demandez "Regarder maintenant la taille de la branche finale du Gnetum". Dans quel arbre voulez-vous qu'on regarde? (i.e. quel jeu, quel critere et quel modele).

Merci!

 
Informations Question consultée 1961 fois. | 1465 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-A Envoyée par : Autre Répondue par : Béatrice Roure 2008-02-12
Question
#475
have couple of questions regarding the TP:

a) pg 20, we are asked to make a table to compare the results between PAUP
and PHyml( length,likelihood and monophyletics). Now for the PAUP and PHYML
do we need to do this for the 3 sets of data( 4genes, adn and aa) and all
the models (GTR,JC,f81,k2p,hky85)???

b) also for the PHYML , I wasnt' abe to see the lenth of the tree, is this
is recorded in a file? Because I checked all of them and didn't find it.
Also should we use only the "gamma distribution with 4 categories"(page 15)
when we compare the phyml with PAUP?

c) page 20, 3rd question: for the same set of data and same model , compare
the length of the tree by the method distance and parcimony: (again as I
have aske in part a) ) Do we need to do this comparison for the 3 sets of
data and for each of the 5 models(GTR,JC,f81,k2p,hky85) ?


these are the questions for now, I'll email you more tomorrow.

THank you

 
Informations Question consultée 1970 fois. | 1399 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-A Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Béatrice Roure 2008-02-12
Question
#474
Comment obtenir la taille des arbres inférés et la vraisemblance totale par la méthode de maximum de vraisemblance, par paup et phyml ? (la commande Describetrees ne fournit pas l'information dans paup)
 
Informations Question consultée 1973 fois. | 1478 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-3514 Envoyée par : Guillaume Sylvain-Drolet Répondue par : Franck Gallardo 2008-02-04
Question
#473
Bonjour,

Je ne comprends pas les diapos 67 et 68. Il est question d'identification de facteurs de transcription liant des séquences promotrices. Il y a une représentation d'un retard sur gel et une sonde radioactive. Pourquoi?

La sonde lie quoi? Je crois qu'elle lie l'ADN et que lorsque les facteurs de transcription (extrait nucléaire) sont là, les facteurs bloquent l'ADN et empêchent la sonde de lier. Mais ce n'est pas ce qui est montré, il n'y a pas de liaison de la sonde en absence d'extrait nucléaire et en présence, la sonde lie l'ADN.

Bref, pouvez-vous m'éclairer sur ces diapos, pourquoi y a-t-il une sonde radioactive dans une expérience de retard sur gel? Lie-t-elle les facteurs de transcription?

Merci 
Informations Question consultée 2074 fois. | 1361 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-A Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Béatrice Roure 2008-01-30
Question
#472
Bonjour,
1)
j'ai quelques question sur le devoir1b. Premièrement, à quoi vous attendez-vous pour la première question du devoir (celle où vous demandez "Comment le modèle affecte-t-il l'inférence") (page 19). Voulez-vous qu'on explique en détails chaque modèle de distance ou est-ce que vous voulez savoir en général c'est quoi qui les différencie un de l'autre?
2)
Ensuite, dans le deuxième bloc de question (page 23), lorsque vous demandez "Quels sont les paramètres utilisés par l'inférence?", voulez vous savoir les paramètres que nous avons inscrit dans la commande ou voulez-vous avoir la liste des multiple paramètres qui sortent après avoir entré la commande?
3)
Troisièmement, je voulais savoir si c'était normal que j'obtienne les mêmes arbres lorsque je fait la commande pour avoir l'arbre consensus et celui semi-consensus.
4)
Finalement, je n'arrive pas à comprendre la question à la page 31. Je n'ai aucune idée comment je pourrait procédé. Aussi, dans quel jeu de données voulez-vous qu'on accomplit cette recherche? Même chose pour la page 32. 
Informations Question consultée 1784 fois. | 1314 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-1503 Envoyée par : selma Répondue par : Martin Audet 2008-01-30
Question
#471
salut,je veut comprendre le mécanisme de compactage d'ADN? 
Informations Question consultée 2149 fois. | 1541 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-A Envoyée par : Isabelle Filiatreault Répondue par : Béatrice Roure 2008-01-30
Question
#470
Bonjour,
Je n'arrive à trouver, ni dans les notes de cours, la démo ou le manuel... ce que les scores "maximaux" donnés par "hsearch" représentent.

Ce score maximale qui est dans les valeurs de 1000 pour la parcimonie et 1-2 pour la distance du meilleur arbre. Je ne sais pas ce que ce nombre représence et si c'est une valeur arbitraire de PAUP basé sur la qualité de l'arbre ou bien si c'est vraiment une valeur qui veut dire quelqechose pour tout les logiciels comme une certaine valeur statistique tel que je CI.

Dans tout les cas, j'aimerais savoir ce que ces valeurs représente pour mieux les comparer, et avoir un intervalle de valeurs acceptables pour chaque métodes.

Merci
 
Informations Question consultée 1840 fois. | 1356 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-A Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Béatrice Roure 2008-01-24
Question
#469
Bonjour,

remise bcm2003 Devoir_1 ne fonctionne pas pour moi.

J'ai le message :

remise : Le travail Devoir_1 n'existe pas pour le cours bcm2003.

Avec BCM2003 je n'ai aucun message et je ne peux verifier si la remise a fonctionne.

Merci

 
Informations Question consultée 1851 fois. | 1334 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-A Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Béatrice Roure 2008-01-23
Question
#468
Hello,

I still have a lot of confusions on how to analyse the results. In
fact I have used the profile sequencing(as seen in the TP) and added the
new_sequence(containing sequence1,2,3 and 4) to each aligned subtype profile
one at the time, resulting in 3 new fasta file. I have also calculated the
score for each fasta file and displayed the low scoring one( as seen in the tp)

However I am still unable to determine a precise method, in order to find
the sequence with the higher homology to the other subtypes using clustalx.
In addition I find that this visualization is very bias and error-prone.

The question that I am trying to ask is that are there any other tools able
to give me an overall , global score for the entire alignment or a more
accurate way to visualize the homology in order to facilitate the task of
determining the homologous or closely-related sequence.

I hope my question is clear! 
Informations Question consultée 1959 fois. | 1423 votes, Moyenne 3/5.0
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