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BCM-1503 Envoyée par : Mianda Pamela Dibula Répondue par : Marieke Rozendaal 2010-01-27
Question
#528
Bonjour, ma question porte sur la mesure de la diversité génétique.
J'aimerais savoir comment déterminer l'effectif et la fréquence des trois génotypes AA, Aa et aa

Merci 
Informations Question consultée 1738 fois. | 1321 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-B Envoyée par : zina Répondue par : Louis-Philippe Lemieux-Perreault 2009-12-15
Question
#527
Pouvez vous m'aider pour bien comprendre la technique de cartographie par la nucléase S1 ou ce qu'on appelle le S1 mapping? merci bien 
Informations Question consultée 1657 fois. | 1265 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2504 Envoyée par : Elodie HIP-KI Répondue par : Mathieu Vernier 2009-04-22
Question
#526
Bonjour,

j'ai plusieurs questions concernant la derniere partie sur la regulation enzymatique:

dans le chapitre sur l'allostérie et la cooperativité:
-p16: je ne vois pas le rapport entre la coopérativité et L' = (L(1+beta)^n)/((1+gamma)^n)

- est-ce que la liaison d'un inhibiteur peut etre une forme de cooperativité negative?

dans le chapitre sur la régulation de voies métaboliques:
- p3: quelle est l'utilité de multiplier par vf/vf?

dans le chapitre sur l'analyse du controle metabolique:
- p3: je ne comprends pas l'utilisation de l'équation Cei = dlnJ/dln[ei]

merci beaucoup
 
Informations Question consultée 1948 fois. | 1418 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-C Envoyée par : A. Nom Nîmes Répondue par : Mathieu Courcelles 2009-04-08
Question
#525
Bonsoir,

À quelle genre de variance devrions-nous nous attendre entre deux fichiers de résultats provenant du même fichier d'origine (phospho-large.mgf)?

En d'autres mots, si par hasard un certain esprit de collaboration étudiante faisait en sorte qu'on remarquait des différences considérables entre les nombres de phosphoprotéines (et de phosphopeptides) et que cette différence n'était pas due à des différences au niveau des manipulations, qu'en diriez-vous?

Mascot emploie un modèle probabiliste, donc j'en déduit que la propriété de non reproductibilité est attendue, mais avec une variance de quel ordre?

Merci,
Anonyme 
Informations Question consultée 1975 fois. | 1488 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-C Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Mathieu Courcelles 2009-04-08
Question
#524
À quoi correspond la liste de "Unassigned Peptides" à la fin du rapport de MASCOT ?
Faut-il ignorer ces résultats dans notre analyse ?

Merci 
Informations Question consultée 1958 fois. | 1468 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-C Envoyée par : Patrick Répondue par : Mathieu Courcelles 2009-04-08
Question
#523
Bonjour !
La question est en rapport avec le devoir 3b. Se serait pour savoir si c'était possible d'avoir des précisions sur la formule pour calculer le nombre de faux positifs. Effectivement, de ce que j'ai compris nou obtenons pour la liste de peptide un certain nombre de séquences ( ex : ALSNLSAKD ) qui sera égale au total hit. Pour ce qui est du decoy hits, je pense qu'en classe nous avions parlé à ce moment d'utiliser les r-IPI. Par contre cela correspondrait plus aux protéines qu'aux peptides et je suis donc un peu perdu.
Merci ! 
Informations Question consultée 2037 fois. | 1504 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-A Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Jean-Christophe Grenier 2009-04-08
Question
#522
bonjour,
toujours cencernant le devoir 3b, je ne comprend pas quand tu dis d'associer les motifs aux kinases de la litterature, faut-il juste regarder le motif et predire la kinase associer? Pourrais- tu donner quelques explications?
Merci d'avance. 
Informations Question consultée 1936 fois. | 1433 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-C Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Mathieu Courcelles 2009-04-08
Question
#521
Salut Mathieu,
est-ce tu pourrais nous fournir la commande pour rechercher les score >=25?
Pour le taux de faux positif, devons multiplie par 2 comme dans le formule que tu nous a montre au tp?
Merci 
Informations Question consultée 1946 fois. | 1450 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-C Envoyée par : Marc-Frédérick Répondue par : Mathieu Courcelles 2009-03-26
Question
#520
Au sujet du devoir 3a,

avec l'échelle en abscisse des spectres, on ne peut pas nécessairement identifier les derniers acides aminés de nos séquence. Par contre, en comparant à la séquence de protéine fournie, on identifie les AAs qui manquent.

Lorsqu'on doit surligner nos séquences, doit-on surligner la séquence complète ou seulement les AAs identifiable sur les spectres ?
 
Informations Question consultée 1901 fois. | 1427 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-B Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Louis-Philippe Lemieux-Perreault 2009-03-02
Question
#519
Bonjour,
pour le devoir#2b deuxième partie. est ce qu'il ya des fichiers précis des résultats MEV qui doivent être fournis?

pour le devoir #2b troisième partie, je ne voit pas ce qu'il faut faire quand tu demande de faire une analyse de surreprésentation EASE.

Merci 
Informations Question consultée 2055 fois. | 1520 votes, Moyenne 3/5.0
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