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BCM-2003-A Envoyée par : Julie Répondue par : Jean-Christophe Grenier 2009-02-10
Question
#508
En fait ma question (#507) portait sur le tableau des fréquences des noeuds que PAUP imprime avec l'arbre (table avec des étoiles dans PAUP). Je voulais savoir si nous devons l'inclure dans les résultats ou si l'arbre avec les fréquences des noeuds inscrites dans les branches est suffisant? En fait, c'est juste parce que cette table (avec les étoiles) prend beaucoup de place et si ce n'est pas necessaire je voudrais le savoir.

merci beaucoup 
Informations Question consultée 1758 fois. | 1359 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-A Envoyée par : Julie Répondue par : Jean-Christophe Grenier 2009-02-10
Question
#507
Pour le devoir 1c, je voulais savoir si nous devons mettre dans les résultats le log des bootstrap avec le tableau des féquences des noeuds que nous utilisons pour remplir le tableau de la page 14 du doc phylo2 ou si le tableau de la diapo 14 est suffisant?
Merci 
Informations Question consultée 1621 fois. | 1229 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-2003-A Envoyée par : Philippe Répondue par : Jean-Christophe Grenier 2009-02-09
Question
#506
Bonjour,

Quelques questions et clarifications:

1. À la page 6 de la présentation Phylo3[...], la commande "outgroup n1 n2" est proposée, mais en réalité il faut faire "outgroup 1 2" ou bien faire référence aux noms exacts des taxons. Il faut aussi savoir lesquels font partie du groupe des marsupiaux. :)

2. À la page 15 de ce même document, on propose d'abord la valeur 'd' pour l'option '-f', puis en bas, sur la même diapositive, la valeur 'a'. En consultant la documentation reliée à RAxML, cette dernière ne semble pas être valide. Est-ce donc une erreur?

3. Dans votre avant-dernier courriel (09-02-25), vous mentionnez les modèles d'évolution "CATGTR" et "CATGAMMA", tandis que le logiciel mentionne les modèles d'évolution suivants:
"For DNA data use: GTRCAT or GTRGAMMA or GTRMIX or GTRMIXI or GTRGAMMAI or GTRCAT_GAMMAI or GTRCAT_GAMMA"
Je suppose que "CATGTR" fait allusion à "GTRCAT", mais qu'est-ce que "CATGAMMA"? Est-ce "GTRGAMMA" ou plutôt "GTRCAT_GAMMA"?

Merci! 
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BCM-2003-A Envoyée par : Patrick O'Reilly Répondue par : Jean-Christophe Grenier 2009-02-09
Question
#505
Re-Bonjour !
J'aurais une deuxieme question.
Que faire dans des situations ou les noeuds que l'on cherche a savoir le pourcentage de bootstrap sont couper par un autre groupe monophyletique? Par exemple, les artiodactyles, que je pense compose de vache, hippopotame et lama, et les cetaces, dans mon arbre sont melanger, de sorte qu'il n'existe pas de noeud propre aux artiodactyles. Est ce que je doit prendre la valeur qui est presente dans la table de valeur ou dois-je me fier a l'arbre uniquement ?

merci ! 
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BCM-2003-A Envoyée par : Patrick Répondue par : Jean-Christophe Grenier 2009-02-09
Question
#504
Bonjour !
Quand je fais un bootstrap, je sauve mon arbre en format phylip de la facon suivante :
> bootstrap search=nj brlens=yes treefile=save1 format=phylip
dans le log de l'operation, je vois bien le pourcentage dans les noeuds, mais lorsque je visionne mon arbre dans njplot, je n'ai pas acces aux pourcentages du bootstrap et donc je ne peux les inclure dans le rapport a part en format log. Existe t'il une facon de le visionner, soit avec un autre programme soit avec njplot ?

Merci !
 
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BCM-2003-A Envoyée par : Geneviève Répondue par : Jean-Christophe Grenier 2009-02-04
Question
#503
Pour le devoir 1b, à la page 30, on nous demande de déterminer l'effet du nombre de gènes sur l'index de cohérence. J'ai beau chercher, je ne trouve pas comment obtenir le nombre de gènes.

Merci 
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BCM-2003-A Envoyée par : Geneviève Répondue par : Jean-Christophe Grenier 2009-02-04
Question
#502
En essayant de construire les arbres consensus, je n'arrive pas à sauver mes arbres sous le format phylip pour les visualiser avec NJplot. Je peux donc visualiser les arbres dans la fenêtre et les enregistrer mais pas sous le format phylip. Contrairement à la fonction savetrees, il ne semble pas y avoir d'option format disponible pour cette commande. Peut-on sauver nos arbres en format phylip lorsqu'on fait des arbres consensus?

Merci 
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BCM-2003-A Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Jean-Christophe Grenier 2009-02-04
Question
#501
Bonjour,
pour la méthode des distances, tu nous a demandé d'utiliser le score minimum d'évolution comme l'index de cohérence. j'aimerais savoir si c'est normale que ce soit supérieur a 1?  
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BCM-2003-A Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Jean-Christophe Grenier 2009-02-03
Question
#500
Au sujet du devoir 1b.

Pour les arbres inférés à partir d'un modèle de distance, nous n'obtenons de "Tree length".

La réponse à une question posée précédemment à ce sujet indique qu'il faut mesurer cette hauteur à partir de la longueur des branches. Cependant, l'affichage de la longueur des branches ( avec brlens ), donne des valeurs comprises entre 0 et 1 et indique une somme de l'ordre de quelques unités ( ex. 4.11 ).

Si on regarde l'arbre créer par la méthode de parcimonie, le "Tree length" est de l'ordre des milliers (ex. 5815).

Pourriez-vous expliquer comment on obtient une hauteur d'arbre raisonnable à partir d'une inférence de distance ( ou comment interpréter la sommes des longueurs de branches, si celle-ci est effectivement la hauteur de l'arbre).

Merci 
Informations Question consultée 1673 fois. | 1277 votes, Moyenne 3/5.0
BCM-1503 Envoyée par : Étudiant(e) Biochimie Répondue par : Marieke Rozendaal 2009-02-03
Question
#499
En étudiant le contrôle de l'expression génétique, j'ai de la misère à comprendre ce qu'est la transcription basale et régulée.  
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