Tutorat en ligne de l'Agora du Département de biochimie: Banque de Questions/réponses : Impression

BCM-2003-A | Section Phylogénomique- Application d'outils bio-informatiques | Question #467

Envoyé par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondu par : Béatrice Roure  2008-01-23
Hello,
I have two question regarding the Devoire1. I would like to have some clarification on the notion of "protocole"! is it a list of steps that must be followed, backed up by justification, in order to determine to which category each sequence belongs? or will it have to be more detailed.

a bit of clarification is appreciated

Thank you

Bonjour,
C'est exactement ça. Un protocole expérimental doit permettre à une autre personne de reproduire les étapes qui conduisent aux résultats obtenus. Il est donc nécessaire pour chaque étape de préciser quel(s) outil(s) a(ont) été utilisé(s), avec quel(s) paramètre(s) et quelles données. La description peut être très simple, par exemple "gblocks avec les paramètres par défaut".
La justification d'une étape, ou d'un ensemble d'étapes, permet de suivre la logique du raisonnement qui a conduit à définir le protocole; par exemple "utilisation de gblocks avec les paramètres les moins contraignants afin de conserver le plus de positions possibles"
J'espère que cela répond à la question
Béatrice

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BCM-2003-A | Section Phylogénomique- Application d'outils bio-informatiques | Question #466

Envoyé par : Alexandre Répondu par : Béatrice Roure  2008-01-22
Bonjour,

J'ai une question concernant le devoir 1. Comment se définit un sous-type du VIH? Comment distingue-t-on un sous-type d'un autre?

Merci

Alexandre
bonjour,
La connaissance de la classification précise des HIV n'est pas nécessaire pour répondre au devoir dont le but est de vous faire utiliser les outils vus en TP et de réfléchir sur les résultats obtenus. C'est pourquoi je n'ai parlé que de la notion de sous-types pour ne pas compliquer votre travail. La différenciation se fait au niveau moléculaire et il s'agit en fait de variants génétiques.
La classification des HIV est complexe et se subdivise de manière hiérarchique en : types / groupes / sous-types. Certains sous-types sont eux-mêmes subdivisés. Pour ceux qui veulent plus d'informations sur les HIV, je vous suggère la page suivante comme point de départ :
http://fr.wikipedia.org/wiki/Virus_de_l'immunodéficience_humaine#Variants_g.C3.A9n.C3.A9tiques



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BCM-2502 | Acides nucléiques et génétique 2 | Question #465

Envoyé par : Étudiant(e) Biochimie Répondu par : Franck Gallardo  2007-12-14
Bonjour. Ma première question concerne la figure de droite (b) de la p.32 sur le contrôle de l'expression chez les eucaryotes.

Si je comprends bien, lorsque l'ADN est accessible au PIC, il peut y avoir formation du PIC, commençant par le positionnement de TBP à TATA, et transcription, mais à un faible niveau. S'il y a rajout d'un activateur, la fréquence de formation du complexe de transcription augmente et donc nécessairement, le taux de transcription aussi.

Est-ce donc juste de dire qu'un activateur augmente la transcription seulement en augmentant le taux de formation du complexe de transcription ou il y a autres choses? Sinon, que peut-il faire de plus?

Ma deuxième question concerne la figure du bas de la page 30. Si je comprends bien, Ume6 est responsable de la liaison à un élément précis, Sin3 agit comme répresseur par intéractions protéines-protéines avec les protéines du complexe de transcription et Rdp3 favorise la répression par déacétylation des histones. Est-ce exact?

Ma troisième question concerne l'organisation des gènes de l'hémoglobine en tant que familles de gènes groupés (p19, partie1). Je comprends mal quels gènes on qualifie de ''familles de gènes'', s'agirait-il par exemple des gènes codant pour le groupe de chaînes béta ou pour deux gènes codant pour la même chaîne (gamma)?

Merci beaucoup

Bonjour,
Sur la figure b, on peut voir que la molécule alpha va augmenter le taux de transcription du gene cible, en se fixant sur une séquence apellée enhancer, qui peut être en 5` ou en 3`du gene cible. Le modele presenté ici montre que l'activateur va augmenter la fréquence d'ìnitiation de transcription du gène cible. Cependant, on peut imaginer qu'un activateur de transcription possède d'autres fonctions. Par exemple, un activateur pourrait empêcher la degradation d'un facteur de transcription spécifique, ou il pourrait modifier la localisation intracellulaire d'un facteur de transcription, en le relocalisant du cytoplasme vers le noyau par exemple.

Pour ta deuxieme question, Ume6 est un facteur de liaison a l'ADN qui reconnait des séquences spécifiques (upstream element) et se lie a l'ADN. Sin3 est présenté comme un co-répresseur puisqu'il fait le lien entre ciblage de l'ADN (Ume6) et mise en silence du locus par déacétylation des histones (Rpd3). Il existe egalement d'autres modifications des histones qui participent a la mise en silence.

Pour ta troisième question, les familles de gènes sont en général des groupes de genes qui se sont développés au cours de l'évolution par duplication et dérivent d'un gène ancestral. Ces familles sont en général groupées dans un locus particuliers et contiennent des pseudogenes (genes ayant perdu leur fonction lié a une duplication incomplete ou a des phenomène de retrotransposition (Alu)). Pour les genes de la globine, il existe differents types (epsilon, zeta, alpha etc) qui sont ordonnés sur le chromosome et cet ordre correspond a l'expression au cours du développement. Les gènes zeta et epsilon sont des globines embryonnaires.

A bientot



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BCM-2502 | Acides nucléiques et génétique 2 | Question #464

Envoyé par : Étudiant(e) Biochimie Répondu par : Franck Gallardo  2007-11-27
Bonjour, j'ai deux questions.

1. À la p.20 du chapitre sur le contrôle de l'expression chez les eucaryotes dans les notes du Dr.Brisson, dans la table 29,6 au bas de la page, je voudrais savoir le rôle précis et la distinction entre séquence ''consensus'' et ''DNA bound'. Le consensus est-il ce qui est reconnu par le facteur alors que DNA bound est la séquence avec laquelle il intéragit ?

2. À la p. 8 de la même section, concernant l'expérience portant sur les sites d'hypersensibilité à la DNAse 1 (figure au bas de la page), par quels moyens expérimentaux découvre-t'on où est-ce que la DNAse a coupé précisément?

Merci.
Salut,
Pour repondre a ta première question, c'est facile puisque tu donnes la bonne reponse. Le site consensus correspond a la sequence ciblée par ton facteur de transcription. C'est cette sequence que le facteur reconnait sur le promoteur, qui dans le cas d'HSF, va etre presente dans tous les promoteurs activés par le choc thermique. Le facteur de transcription va lier la sequence consensus et va le recouvrir, ce qu on appelle DNA bound. Meme si le site consensus est de 10 nucleotides, le facteur de transcription couvrira l'ADN sur une region plus grande (DNA bound). Le cas est identique avec les enzymes de restrictions par exemple, EcoR1 reconnait le site GAATTC mais elle va lier l'ADN sur une region plus grande que le site en lui meme.

Pour ta deuxieme question, la position de ton site d'hypersensibilité est determinée par rapoort au site de l'enzyme de restriction que tu utilises. Tu realises une experience controle ou tu digère ton ADN avec l'enzyme de restriction seule et apres hybridation de ta sonde radioactive, tu detecte la presence d'une bande d'une certaine taille. Lors de l'incubation avec la DNAseI, la taille de cette bande diminuera, ou tu auras plusieurs bandes, ca depend de la sonde radioactive que tu utilises. La position du site de restriction etant connu, tu pourras determiner la position relative de ton site d'hypersensibilité.

Bonne continuation.

Franck

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BCM-2502 | Acides nucléiques et génétique 2 | Question #463

Envoyé par : Autre Répondu par : Franck Gallardo  2007-11-14
Bonjour
j'ai une question en biologie moléculaire.
en fait j'ai un plasmide et je veux integrer un duplexe d'ADN dans ce plasmide. mon duplexe contient les sites de restriction en 5' (SpeI) et en 3' (XhoI). quand je regarde mon plasmide j'ai seulement le site de SpeI et pas de site de XhoI. je me demande donc comment dois je faire pour itégrer mon duplexe dans cette situation? (en sachant qu'il n'y a pas de possibiliter de changer la séquence de duplexe) merci par avance
Salut,

Les 2 sites sont incompatibles, il va falloir trouver une autre methode.
1: tu fais une PCR sur ton fragment que tu veux cloner et dans les oligos de PCR tu rajoutes tes sites de restrictions Spe et Xho. Ton fragment aura alors quasi la meme taille avec tes 2 sites aux extremites. Pense a aujouter entre 6 et 8 nucleotides apres ton site de restriction pour faciliter la coupure. Tu clones ensuite ton fragment dans ton plasmide.
2: tu digere ton fragment et ton plasmide avec tes 2 enzymes, ensuite tu les "blunt" avec une DNA polymerase de ton choix. Tes deux fragments plasmide et insert sont alors a bout francs et tu les clones ensemble. Attention a l;orientation si tu les clones en blunt.

A bientot et bonne chance

Franck

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BCM-2502 | Acides nucléiques et génétique 2 | Question #462

Envoyé par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondu par : Franck Gallardo  2007-11-08
quelles est la fonction et le mécanismes des enzymes glycosomales?
Bonjour,

Désolé pour le retard mais j'avais un examen mercredi. Les glycosomes sont des organelles présents chez certains kinétoplastides. Ils ont été découverts chez Trypanosoma brucei, un parasite sanguin responsable de la maladie du sommeil. Le glycosome regroupe les enzymes de la glycolyse qui sont généralement trouvées dans le cytoplasme des cellules. Cet organelle appartient a la classe des peroxysomes et 90% des enzymes qu il contient servent a la glycolyse. Ils peuvent produire de l'ATP de facon aérobie ou anaérobie, et collabore étroitement avec les autres organelles pour l'homéostasie cellulaire. Cet organelle est vraiment un cas particuliers et n'est pas retrouvé dans les autres types cellulaires. Tu peux regarder sur le schéma les différentes catalyses enzymatiques qui se produisent dans cet organelle.

Bonne continuation

Franck

Référence:http://www.beilstein-institut.de/bozen2002/proceedings/cornish/images/Cornish5.gif
Metabolic functions of glycosomes in Trypanosomatids: P.A.M. Michels et al. / Biochimica et Biophysica Acta 1763 (2006)

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BCM-1501-A | Section générale- Origine biochimique de la vie | Question #461

Envoyé par : Étudiant(e) Biochimie Répondu par : Martin Audet  2007-11-07
bonjour,
j'aimerais savoir si le diamètre 20°A de l'hélice A de l'ADN est le même pour les fomes B et Z?
merci
voir p1109 voet et voet 3ieme édition

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BCM-1501-A | Section générale- Origine biochimique de la vie | Question #460

Envoyé par : Étudiant(e) Biochimie Répondu par : Martin Audet  2007-11-06
Bonjour! J'ai de la difficulté à comprendre comment fonctionne la digestion complète et partielle. Je ne comprends pas comment on fait pour savoir combien de fragments il va y avoir à la fin d'une digestion.

MERCI
Dans une digestion complète, chacun des fragments vont être digérés à tous les endroits possibles. Dans une digestion partielle, chacun des fragments va être clivé à un seul endroit. Cela va générer un ensemble de fragments différents dont chacun représente une possibilité de clivage. L'exemple ci-dessous montre une digestion complète et partielle d'un fragment de différentes couleurs aux sites de clivages A, B, C et D.

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BCM-1501-A | Section générale- Origine biochimique de la vie | Question #459

Envoyé par : Autre Répondu par : Martin Audet  2007-11-06
Je sais que les chromosomes sont des structures qui contiennent l’ADN et des protéines. J’aimerais savoir, est-ce que chacun des 46 chromosomes humains contiennent chacun, individuellement, la même séquence d’ADN et qu’ils se différencient par l’expression des gènes qu’ils les représentent ou par le compactage de l’ADN? Ou ils portent tout simplement une partie de la chaîne d’ADN. Ou est-ce plutôt les 23 chromosomes ont une partie différente de la chaîne d’ADN de la mère et les 23 autres chromosomes ont une partie différente de la chaîne d’ADN du père et que, aléatoirement, les 46 chromosomes « se choisissent » un chromosome par paire pour les caractéristiques de l’être humain (donc, 2 chaines d’ADN différentes, une chaine venant de la mère et la seconde chaine venant du père).
Merci!
La séquence du génome humain est répartie sur un ensemble des 23 chromosomes. Dans une cellule humaine (sauf les cellules reproductives), il y a 2 ensembles de 23 chromosomes, l'un venant de la mère et l'autre du père. Chacun des types de chromosone vient donc en une paire dont les séquences respectives sont hautement similaire (sauf pour les hommes qui ont une paire XY et non XX), car ils contiennent les mêmes gènes, mais dont certaines différences expliquent l'unicité de chaque individu.

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BCM-1501-A | Section générale- Origine biochimique de la vie | Question #458

Envoyé par : Autre Répondu par : Martin Audet  2007-11-05
Est-ce que l'ARN, peu importe de quel type (messager, ribosomal, etc), "peut être" double brin? Car dans les notes, p.15, on dit que c'est majoritatirement simple brin...donc, une probable possibilité de double brin.

Aurons-nous à dessiner des bases azotées et/ou savoir les identifier? Voir notes de cours p. 13 ("voir notes de cours de J.F. Ouimette)
Biologiquement, l'ARN double brin se rencontre notamment dans un type particulier de phénomène que l'on appelle ARN interférent. L'ARN messager et ribosomal ne sont pas doubles brins. Cependant, tous ces ARNs ont des structures tridimentionnels qui forment quelquefois des appariements double brins mais la plupart du temps à partir de différentes régions d'une même chaîne d'ARN.

Peut-être

Martin

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