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BCM -
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Envoyée par : Johanie Charbonneau
Répondue par : Alexandre Viau
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2004-03-06
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Question
#100
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Dans un texte de Nature Genetic, il parle régulièrement de DNA microarrays... je me demandais ce que c'était.
Merci et bonne journée
Johanie |
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Réponse
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Bonjour Johanie,
Je suis content que tu t'intéresses à des sujets qui débordent un peu des cours.
Les DNA microarrays sont des outils très puissants qui permettent d'obtenir rapidement une idée du patron d'expression de presque la totalité des gènes d'un organisme donné en une seule expérience. Il en existe deux types. Les microarrays imprimés et les Gene Chip (Affymetrix). Dans les deux cas le fonctionnement est similaire. Il s'agit d'effectuer des milliers d'expériences de southern blot ou northern blot en même temps.
Prenons un exemple pour pouvoir mieux expliquer le tout. Si tu veux savoir quels gènes sont exprimés dans un tissu ou des cellules précises, la première étape consiste à en extraire les ARN messagers et à préparer de l'ADN complémentaire en effectuant une transcription reverse (RT). Cette ADNc correspond à tous les gènes exprimés et est maintenant plus stable que l'ARNm. On prend ensuite cet ADNc et on le fait migrer par électrophorèse dans un gel. On transfert ensuite le contenu du gel sur une membrane. Il te faudrait ensuite préparer des bouts d'ADN correspondant aux gènes dont tu veux vérifier la présence et à les marquer avec de la radioactivité ou une molécule fluorescente. On prépare habituellement ces "sondes" par PCR. Si tu incubes les sondes avec ta membrane, il va y avoir appariement spécifique entre tes sondes et les ADNc de la membrane et tu vas avoir un signal pour chaque gène présent.
Comme tu peux voir, cette technique est assez longue et elle serait presque impossible à faire pour chaque gène un après l'autre. À la place, les gens ont décidé de préparer des sondes non marquées pour chacun des gènes d'un organisme donné et des les déposer sur une lame sous forme de petite gouttes très proches les unes des autres. Ainsi, en incubant une seule préparation d'ADNc, que l'on a marqué avec de la fluorescence, avec ces lames remplies de sondes, ont obtient en un clin d'oeil une idée de toutes les gènes exprimés dans un contexte donné. En effet, si le gène X est exprimé dans tes cellules, il va hybrider avec la goutte correspondant au gène X et tu va avoir un signal de fluorescence à cette endroit. En vérifiant le niveau de fluorescence pour chaque sonde (goutte) on obtient le profil d’expression de tous les gènes.
J'espère que vous me suivez tous! En bref, les DNA microarrays servent à faire des milliers d'expériences de Northern blot ou Southern blot en même temps. Comme j'ai dit au début il y en a deux sortes. Les microarrays imprimés, qui sont des gouttes de produits de PCR ou d'oligonucléotides d'environ 80 nucléotides correspondants à tous les gènes qui sont déposés sur des lamelles spéciales qui absorbent l'ADN. La deuxième sorte, les Gene Chip, sont encore plus petits. Il s'agit de petites puces comme celles des ordinateurs qui sont composés de milliers d'oligonucléotides correspondant à des génomes entiers. Les différents gènes sont tellement proches que l'on doit analyser les résultats avec un microscope. Plus on peut faire des petites « gouttes » plus on peut analyser un grand nombre de gène sur une petite lame.
C’est une technique très utilisée ces temps-ci, alors c’est bien que vous vous y intéressiez le plus tôt possible. Je suis sûr que vous aller pouvoir trouver beaucoup d'information sur Google à ce sujet si vous voulez en savoir plus ou si vous n'avez rien compris de ce que je viens de dire !!
Merci pour ta question Johanie.
Alex ;-)
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