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BCM-2502
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Envoyée par : MARI BAZO
Répondue par : Marie-Claude Sincennes
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2004-10-01
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Question
#159
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Bonjour, je n'ai pas compris exactement comment nous pouvons vérifier que l'on a choisi le bon clone après avoir terminé le clonage.
merci beaucoup |
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Réponse
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Bonjour!
Lorsque tu as terminé ton clonage moléculaire, il y a différentes façons de savoir si tu as le clone désiré.
Premièrement, tu peux séquencer le clone obtenu et comparer sa séquence avec celle de ta sonde. Si les séquences dont 100% identiques, il est probable que tu aies le bon clone. S'il y a une homologie mais que la séquence n'est pas exactement pareille, tu peux penser que tu as cloné un gène de la même famille que le gène désiré.
D'après la séquence d'ADN de ton clone, tu peux en déduire la séquence protéique, et la comparer avec la séquence protéique de ton gène désiré, si tu la connais. Tu aurais pu obtenir la séquence protéique de ton gène désiré par exemple en purifiant la protéine désirée et en la séquençant, ou cette séquence est peut-être disponible. Par contre, pour déduire la séquence protéique de ton clone, tu dois connaître dans quel cadre de lecture ton clone est inséré dans le vecteur. Pour se faire, tu dois déterminer la taille de la plus grande phase ouverte de lecture (ORF). En fait, tu recherches un codon ATG dans ta séquence, sans te préoccuper des cadres de lecture. Tu déduis la séquence protéique à partir de la séquence d'ADN jusqu'à ce que tu arrives à un codon stop. Tu fais ceci pour tous les ORF retrouvés dans ta séquence (un ORF commence à un codon ATG et se termine à un codon stop). Le plus long ORF que tu trouves est probablement le bon, c'est-à-dire celui qui est vraiment traduit en protéine dans la cellule. Tu peux donc ensuite comparer les séquences protéiques.
Le clonage moléculaire est à la base de plusieurs applications en biochimie et en biologie moléculaire. Cette technique est probablement décrite dans le Voet ou dans le livre Microbiologie, ou encore dans Introduction à l'analyse génétique, 3 manuels qu'il est suggéré de se procurer pendant son bacc. Sinon, je suis persuadée qu'en tapant sur Google "clonage moléculaire", "molecular cloning", ou n'importe quelle notion qui est moins claire par exemple "open reading frame", tu trouveras des panoplies de références sur Internet qui t'aideront à mieux comprendre.
J'espère que c'est clair et bonne chance!
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