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BCM-2502
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Envoyée par : Iman Rafei
Répondue par : Marie-Claude Sincennes
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2004-10-19
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Question
#167
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Bonjour j'aurais 2 questions
1- Comment peut-on évaluer le kd à partir des résultats qu'on obtient sur gel de retardement.
2- L 'ADN compétiteur froid a t-il une bonne affinité donc un KD bas et pourquoi |
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Réponse
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Bonjour!
J'ai cherché sur Internet et dans des textbooks pour trouver la définition du Kd mais je ne la trouve pas, alors je me suis fiée à ce que je me rappelais du cours, désolée! Si je ne me trompe pas, le Kd est la concentration de protéines qu'il faut pour que 50% des molécules d'ADN soient liées. Plus la protéine a une bonne affinité pour l'ADN, plus son Kd est bas, puisqu'il en faut moins pour lier 50% de l'ADN.
1- Sur un gel de retardement, la fraction non liée migre plus vite et se retrouve au bas du gel. Tu peux comparer l'intensité de cette bande en fonction de la concentration de protéines, et trouver la concentration pour laquelle l'intensité de la bande diminue de moitié par rapport au contrôle sans protéine.
2- L'ajout de compétiteur froid permet de tester la spécificité de ta liaison ADN-protéine. Souvent, l'ADN compétiteur froid a la même séquence que l'ADN marqué, donc il a le même Kd. Si le compétiteur avait une très mauvaise affinité, la protéine ne le lierait tout simplement pas et il n'y aurait pas de "compétition" comme tel.
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