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BCM-2003-A
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Envoyée par : Steve Lawrence
Répondue par : Béatrice Roure
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2005-01-31
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Question
#193
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J'ai pas des arbres pour les calculs de distances..c'est normal? Dois- je ajuste
qqchose?
C'est quoi l'inference ? j'ai essay avec fitch et neighbour..ca me donne des erreurs quand je rentre les outfiles
Comment est-ce que je fais le calcules?
pour les exercises
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Réponse
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Inference phylogenetique = deduction de la phylogenie par une methode (parcimonie, distance) a partir des donnees (sequences alignees, morphologie, ..)
Vous n'avez pas a calculer de distances : l'inference par la methode de distances est realisee en 2 etapes successives :
1- calcul de la matrice de distances par PROTDIST ou DNADIST a partir des sequences
2- determination de l'arbre par NEIGHBOR ou FITCH a partir de la matrice calculee en 1 : l'arbre infere se trouve alors dans les fichier OUTFILE (graphique en mode texte) et TREEFILE (arbre parenthese utilisable par des utilitaires de visualisation comme NJPLOT)
Comme les programmes de PHYLIP utilisent tous le meme fichier de sortie OUTFILE, il est obligatoire de renommer le fichier obtenu a la premiere etape avant de lancer la seconde car un meme nom de fichier ne peut pas etre utilise en entree et en sortie. Je pense que les erreurs viennent de cette limitation
Pour la derniere question, je ne peux que dire que le calcul du nombre minimal de substitutions necessaires a ete presente dans le cours
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