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BCM-2003-A
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Envoyée par : Véronique Lisi
Répondue par : Béatrice Roure
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2005-02-06
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Question
#200
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J'utilise NJPlot sous Windows, est-il normal de ne pas avoir les valeurs de bootstrap sur mon arbre lui même. Je comprends que j'ai ces valeurs dans le fichier de sortie de "consense" mais je croyais les avoir aussi sur l'arbre. Se pourrait-il que l'arbre ait été mal bâtit?
Merci |
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Réponse
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Dans NJPlot, en choisissant l'affichage des longueurs de branche on fait apparaitre les valeurs de bootstrap. Mais ce n'ai pas tres facile a lire car, mis a part pour les branches conduisant aux feuilles, la valeur inscrite au dessus d'une branche, a gauche de cette branche, correspond a la valeur de bootstrap du noeud situe a droite de la branche.
Un autre visualiseur d'arbre, Treeview, egalement utilisable sous Windows, est beucoup plus complet et affiche les valeurs de bootstrap a droite du noeud auquel elle s'applique. Pour faire apparaitre les valeurs de bootstrap il faut choisir l'option 'Show internal edge labels' dans le menu 'Tree'. Cet utilitaire permet egalement de visualiser les 100 arbres issus du test de bootstrap avant le consensus. Treeview est telechargeable a l'adresse :
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