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BCM-2003-A
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Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique
Répondue par : Béatrice Roure
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2008-01-30
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Question
#472
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Bonjour,
1)
j'ai quelques question sur le devoir1b. Premièrement, à quoi vous attendez-vous pour la première question du devoir (celle où vous demandez "Comment le modèle affecte-t-il l'inférence") (page 19). Voulez-vous qu'on explique en détails chaque modèle de distance ou est-ce que vous voulez savoir en général c'est quoi qui les différencie un de l'autre?
2)
Ensuite, dans le deuxième bloc de question (page 23), lorsque vous demandez "Quels sont les paramètres utilisés par l'inférence?", voulez vous savoir les paramètres que nous avons inscrit dans la commande ou voulez-vous avoir la liste des multiple paramètres qui sortent après avoir entré la commande?
3)
Troisièmement, je voulais savoir si c'était normal que j'obtienne les mêmes arbres lorsque je fait la commande pour avoir l'arbre consensus et celui semi-consensus.
4)
Finalement, je n'arrive pas à comprendre la question à la page 31. Je n'ai aucune idée comment je pourrait procédé. Aussi, dans quel jeu de données voulez-vous qu'on accomplit cette recherche? Même chose pour la page 32. |
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Réponse
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Bonjour,
1)
On ne vous demande évidement pas de recopier le cours pour décrire chaque modèle, mais d'expliquer en une phrase ou deux pourquoi en changeant de modèle, l'arbre obtenu (l'inférence) peut-être différent.
2)
page 23, vos avez réalisé une inférence sans préciser de paramètres (hsearch utilisé seul => avec les paramètres par défaut de PAUP), on vous demande de dire quels sont ces paramètres et quelle valeur est alors associée à chaque paramètre.
3)
Non, on doit obtenir 2 arbres différents, mais qui se ressemblent
4)
Lors de la démo, je vous ai décrit un certain nombre de commandes ainsi que les informations que l'on peut obtenir avec chacune suivant le paramètres utilisés avec la commande. L'idée est d'appliquer ces commandes au jeu rps4-adn (des nucléotides pour avoir des codons) afin de faire 2 phylogénies ou seules les données changent (on utilise la même méthode avec les mêmes options dans les 2 cas, à chacun de choisir les conditions de l'inférence d'après les résultats précédents) : une avec la 1ere et la 2eme base du codon, une deuxième avec la 3eme bas.
Comme on ne sais pas si le fichier est en phase de lecture (la 1ere position du fichier correspondant à la 1ere base d'un codon), il faut dans un premier temps déterminer cette phase grâce à la commande describetrees = page 31.
Maintenant que l'on sait quel sous-jeu de données (charset) correspond à la 3eme base des codons, on peut passer à la seconde étape (faire les 2 inférences) = page 32. Puis comparer les résultats obtenus pour déterminer quelle inférence est la plus fiable.
La description du protocole, c'est simplement la liste des commandes avec leurs paramètres dans l'ordre utilisé, comme cela a été saisi dans PAUP. Ce n'est pas la peine de faire beaucoup de phrases autours, juste dire le but de chaque ligne ou ensemble de lignes.
J'espère que c'est plus clair ainsi
Béatrice
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