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BCM-2003-A
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Envoyée par : Philippe
Répondue par : Jean-Christophe Grenier
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2009-02-09
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Question
#506
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Bonjour,
Quelques questions et clarifications:
1. À la page 6 de la présentation Phylo3[...], la commande "outgroup n1 n2" est proposée, mais en réalité il faut faire "outgroup 1 2" ou bien faire référence aux noms exacts des taxons. Il faut aussi savoir lesquels font partie du groupe des marsupiaux. :)
2. À la page 15 de ce même document, on propose d'abord la valeur 'd' pour l'option '-f', puis en bas, sur la même diapositive, la valeur 'a'. En consultant la documentation reliée à RAxML, cette dernière ne semble pas être valide. Est-ce donc une erreur?
3. Dans votre avant-dernier courriel (09-02-25), vous mentionnez les modèles d'évolution "CATGTR" et "CATGAMMA", tandis que le logiciel mentionne les modèles d'évolution suivants:
"For DNA data use: GTRCAT or GTRGAMMA or GTRMIX or GTRMIXI or GTRGAMMAI or GTRCAT_GAMMAI or GTRCAT_GAMMA"
Je suppose que "CATGTR" fait allusion à "GTRCAT", mais qu'est-ce que "CATGAMMA"? Est-ce "GTRGAMMA" ou plutôt "GTRCAT_GAMMA"?
Merci! |
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Réponse
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1. Les "n" ne signifiaient que "numéro". Donc oui, c'est de la forme "outgroup 1 2". Les marsupiaux sont indiqués dans les premières diapositives du 2ième TP.
2. Utilisez l'option "-f a".
3. Effectivement, il s'agit de l'option GTRGAMMA.
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