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BCM-2501
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Envoyée par : Jonathan Poulin
Répondue par : Alexandre Viau
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2004-02-17
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Question
#84
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Pourquoi une proline induit-elle une courbure dans la structure d'une helice alpha?? |
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Réponse
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Bonjour Jonathan,
Comme tu peux le voir sur l'image, la struture de base des acides aminés est (+)NH3-CRH-COO(-) où le "R" est le groupement changeant entre les différents acides aminés. Le lien peptidique qui relie chaque acide aminé entre eux pour former un peptide ou une protéine implique une liaison covalente entre le groupe COO(-) d'un aicde aminé et le groupe NH3(+) du suivant.
Dans le cas de la proline, le groupement R forme un cycle avec l'azote du groupe NH3(+) qui fait partie du lien peptidique. Ainsi, en liant cet azote, il perturbe la structure de base de la chaîne polypeptidique et peut induire une courbure notamment dans une hélice alpha.
La dernière partie de la figure présente cet effet dans un dipeptide Pro-Gly. Comme tu peux voir, le pli engendré par la proline permet la formation d'un nouveau pont hydrogène entre le C=O de l'acide aminé précédent la proline et le NH de la glycine. Cette struture stabilisée provoque la courbure.
Une application intéressante de ce phénomène est l'utilisation d'une série de proline pour détruire une struture d'hélice alpha par mutagénèse.
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