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BCM-2501
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Envoyée par : Marie Mutabaruka
Répondue par : Alexandre Viau
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2004-02-23
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Question
#94
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Bonsoir,
J'aimerais savoir si vous pouviez m'éclairer en ce qui concerne l'attribution séquentielle, comment on fait pour déterminer quel acide aminé correspond à quel pic. merci d'avance.
Marie |
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Réponse
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Bonjour à tous, voici la dernière partie de mon résumé pour ce soir, la section sur l'attribution séquentielle.
Il n'est pas évident de vous expliquer le tout en texte, mais je vais faire mon possible. L'image que vous voyez est un exemple de spectre pour COSY, RELAY et SCOSY pour le tripeptide Tyr-Iso-Leu. Je n'ai représenté que la région de couplage pour les hydrogènes liés à l'azote.
La première chose à remarquer sont les 3 points situés en bas correspondant à chacun des hydrogènes liés à l'azote. Nous ferons d'abord l'étude de la corrélation entre les hydrogènes des carbones alpha et celui de l'hydrogène liée à l'azote. Cette corrélation est visible par spectre COSY et NOSY, car il y a 3 liaisons entre les 2 hydrogènes. On peut donc voir les 3 points pour le carbone alpha identifiés sur le graphique.
Ensuite, si on fait l'analyse des hydrogènes liés au carbone beta, on voit que dans le cas de la tyrosine, il y a 2 pics visibles par RELAY, puisque chaque hydrogène donne un signal de corrélation, puisqu'ils ne sont pas dans un environnement chimique 100% identique dans le temps et l'espace.
Pour l'isoleucine, on voit seulement 1 pic en RELAY pour le carbone beta puisqu'elle ne possède qu'un hydrogène sur celui-ci.
Pour la leucine, la situation est identique à celle de la tyrosine.
Pour les carbones gamma et delta, on ne voit aucun signal en SCOSY pour la tyrosine étant donné qu'il n'y a pas d'hydrogène sur le carbone gamma, ce qui empêche tout couplage SCOSY en gamma ou delta.
Pour l'isoleucine, on voit apparaître 2 points de faible intensité pour les hydrogènes du carbone gamma2 qui ne sont pas complètement équivalents. Ensuite, on voit 2 pics intenses soit pour les 3 hydrogènes du carbone delta et du carbone gamma1 qui sont tous équivalents dans un même groupement CH3, donc ne donnent que 2 pics intenses.
Pour terminer, le spectre SCOSY de la leucine est similaire à celui de l'isoleucine sauf que le carbone gamma ne donne qu'un seul pic faible étant donné qu'il ne possède qu'un hydrogène.
Finalement, pour la distinction entre feuillet beta et hélice alpha, comme je vous l'ai dit, s'il s'agissait d'une hélice alpha, on verrait une corrélation entre les hydrogènes des groupements NH en NOESY, tel que montré en vert.
Cependant, s'il s'agissait d'un feuillet beta, on ne verrait pas cette corrélation, mais plutôt une corrélation entre l'hydrogène du carbone alpha du résidu (i) et l'hydrogène de l'azote du résidu (i+1) en NOESY. Cela nous permet même de donner l'ordre du tripeptide dans le cas d'un feuillet beta.
J'espère que vous vous y retrouvez, je serai là demain matin pour répondre aux dernières questions.
Bonne nuit à tous!
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