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BCM-2003
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Envoyée par : Xiao Zhu
Répondue par : Félix Doyon
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2004-03-03
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Question
#98
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Pour la question 1 de la 2e partie du dev. 4 à remettre lundi le 8 mars (section "Construction de ...") qu'entendez vous par 'gap' = 1+k ? Que signifie donc le parametre k?
De plus, la question 2 de la 1ere section, faut-il qu'on ecrive l'algo (en pseudo-code) ou suffit-il tout simplement decrire comment il marche? |
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Réponse
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Bonjour,
Pour la première partie de ta question, il faut se référer à l'exemple vu en classe de l'alignement de TGAGTT et de AGT. Si tu l'as manqué, je te suggère fortement de demander à un camarade de classe de quoi il s'agissait. Ensuite, l'expression 'gap = 1 + k' implique que l'on parle de pénalités de gap AFFINE. C'est un élément crucial de la question. Le paramètre k sert à pénaliser les 'gaps' selon leur longueur. Ainsi, un gap pour une seule position imputera une pénalité de 2 (1+1) au score de l'alignement, mais un gap de longueur 5 imputera quant à lui une pénalité de 6 (1+5) au score de l'alignement.
Pour ta deuxième question, l'algo en pseudo-code serait bien, mais une description EXHAUSTIVE de son fonctionnement fera tout aussi bien l'affaire.
Bon travail.
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