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BCM-2003
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Envoyée par : François Gauthier
Répondue par : Félix Doyon
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2004-03-05
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Question
#99
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Est-ce qu'un alignement sous-optimal peut être une partie de l'alignement optimal ou bien s'il doit être constitué absolument d'une autre partie de séquence? Par exemple, si l'alignement optimal est AGTTC est-ce que AGTT peut être l'alignement sous-optimal?
Dans la procédure de retraçage, on mentionne qu'il y a des "difficultés" qui sont rencontrées lors du retraçage et qu'elles doivent être résolues afin de produire un alignement optimal. Si je me fis à l'exemple vu en classe, il n'y a aucune difficulté à résoudre puisque deux alternatives équivalentes mèneront l'une comme l'autre, à un alignement optimal. Serait-il possible d'avoir des pistes pour trouver quelles autres "difficultés" peuvent se présenter?
Merci |
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Réponse
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Bonjour,
Pour la première partie de ta question, je te dirai seulement ceci : est-ce que ce serait utile pour quelqu'un qui effectue un alignement de séquences de se retrouver avec un alignement qui est le même que l'optimal, à une ou deux différences près? Je ne peux pas t'en dire plus.
Pour la deuxième partie de ta question, le genre de difficulté rencontré ne fait pas référence au choix entre deux alignements optimals, mais de quelles cases la proçédure de retraçage devra parcourir. Je pourrais aussi te dire que les pénalités de 'gaps' affines sont au coeur du problème.
J'espère que ceci pourra vous aider,
Bon travail.
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