Tutorat en ligne de l'Agora du Département de biochimie: Banque de Questions/réponses : Impression

BCM-2003-A | Section Phylogénomique- Application d'outils bio-informatiques | Question #188

Envoyé par : Beatrice ROURE Répondu par : Béatrice Roure  2005-01-28
Certains etudiants m'ont demande de preciser le contenu du rapport.
Le rapport papier comprend le compte-rendu de la seance et la reponse a l'exercice
La remise electronique inclus le rapport dans un format electronique et tout fichier que vous jugez necessaire pour completer ce rapport (voir la page Remise des travaux sur le site web).

1. Methodes
Il faut indiquer quels programmes de l'ensemble PHYLIP ont ete utilises (DNAPARS ....) et preciser les caracteristiques particulieres du programme et, pour chaque arbre presente dans le rapport, les raisons du choix des options importantes (modele d'evolution, methode de distance, ...) . Ne pas oublier d'indiquer le jeu de donnees ayant servi pour chaque arbre.

2. Resultats
Il s'agit de 6 a 8 arbres representatifs de l'ensemble de vos resultats, de preference sous forme graphique.

3. Discussion des resultats
On vous demande de comparer, par paire, les arbres mentionnes dans les resultats en precisant ce qui reste semblable et ce qui differe d'un arbre a l'autre. Vous pouvez utiliser vos connaissances sur les methodes utilisees et sur les donnees pour expliquer vos observations. Faire egalement une comparaison des resultats observes avec l'arbre morphologique qui vous a ete donne.
Pour faciliter la comparaison, je vous conseille de toujours raciner vos arbres avec les Marsupiaux comme groupe externe (option New outgroup de NJPLOT).

4. Suggestion
A vous de reflechir sur ce qui a ete presente en cours

En plus du cours, vous pouvez vous inspirer de la documentation de PHYLIP (voir l'adresse dans le fichier Exercice1) et des lectures complementaires accessibles sur le site web.


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