Envoyé par : Diala ABD RABBO
Répondu par : Béatrice Roure
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2005-02-04 |
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Professeur,
Bonjour, J'aimerais savoir, concernant le 2ème devoir, est-ce qu'il faut changer les options de Neighbor pour inférer les arbres des 4 protéines pour faire la comparaison (partie: Remarque 1, Page 2). Est ce que les résultats changent quand on réalise une infèrence pour un jeu de données, si on spéciife un outgroupe ou pas? Merci |
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Pour que le test du bootstrap soit valable, il faut realiser les inferences phylogenetiques de maniere identique dans l'inference sur les donnees reelles et lors du test du bootstrap : il faut donc utiliser la meme methode avec les memes options dans les 2 cas. Je ne peux pas repondre plus precisemment, tout depend des options choisies dans Neighbor lors du test du bootstrap.
Theoriquement, le choix de l'outgroup ne devrait pas modifier le resultat final avec les methodes de distance : donc changer l'outgroup a posteriori lors de la visualisation de l'arbre devrait afficher 2 arbres identiques s'ils sont racines sur la meme espece. Mais parfois le programme Neighbor-joinning donnent des resultats legerement differents quand on choisit des especes differentes comme outgroup pour faire tourner les programmes car pour des regroupements dont le calcul donne des valeurs tres proches, les approximations realisees lors des calculs peuvent legerement modifier le resultat finel. |
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