Envoyé par : Diala ABD RABBO
Répondu par : Béatrice Roure
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2005-02-12 |
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Bonjour,
Concernant la partie 3.3 pour la méthode de neighbor joining des 4 matrices, est ce qu'on choisit l'option de prendre 'Opossum' comme outgroup ou pas? Merci |
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Preciser l'outgroup dans PHYLIP n'est pas une obligation car il est toujours possible de choisir la racine dans un outil de visualisation d'arbre. Cependant, il est preferable de le faire pour differentes raisons :
- l'arbre contenu dans le fichier outfile peut etre regarder directement a l'ecran et il est alors plus facile de comparer 2 sorties d'outfile si elles ont le meme outgroup - pour des raisons liees aux approximations faites par le programme au cours des calculs, choisir des outgroup differents peut parfois inferer des arbres differents meme si en theorie les methodes de distance ne sont pas soumises a cet artefact |
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