Envoyé par : Isabelle
Répondu par : Mathieu Courcelles
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2008-04-07 |
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Bonjour,
pour le devoir3b Nous avons utilisé CVS Report Script pour créer un rapport de Mascot. En regardant ce fichier dans la colonne A, je me suis rendu compte qu'il y avait une marque "Unassigned peptides" et que les peptides qui s'en suit n'ont pas de Proteine Score, PubmedID, Seq coverage,etc MAIS pourtant ils ont un numéro IPI quand même. Je me souviens que dans le TP nous avions aussi ces entrés mais est-il vraiment valable de les calculer quand on calcule le nombre de protéines/peptides/faux positifs? Merci |
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La liste des Unassigned peptides est une liste où Mascot a réussi à faire l'identification mais dont la confiance est basse (bas score). Une grande partie des entrées sont généralement éliminés quand on détermine un score seuil. Pour le devoir, on doit les considèrer. |
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