Envoyé par : Étudiant(e) Bioinformatique
Répondu par : Mathieu Courcelles
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2008-04-08 |
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Bonjour,
Il est possible avec Motif-X de fournir des séquences au fomat FASTA non aligées ou des séquences préalignées si je comprends bien. Est-ce qu'on doit fournir la liste des peptides brutes de fonderie ou alors préciser la position des aa dans les peptides qui sont phosphorylés? Merci |
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Dans le cours on obtient une liste de petides par MSMS alors il faut donc choisir cette option et indiquer la db de rat. Motif-X se chagera pour nous de compléter le peptide pour avoir une longeur de 13 aa en centrant le site de phosphorylation au centre. Motif-X supporte aussi les données dans le format FASTA et aussi des peptides où on a préalignés le résidu au centre de la séquence. |
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