Envoyé par : Étudiant(e) Bioinformatique
Répondu par : Louis-Philippe Lemieux-Perreault
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2009-02-14 |
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Bonjour,
pour la partie transcriptomique, quand j'ouvre mon fichier avec openoffice, je ne retrouve pas la colonne RefSeq et gene title, je voudrais un rappel de comment annoter mon fichier avec ces informations. Et tu as bien dit que les données HG-U133A.cd et HG-U133B.cd doivent être traiter séparement? Merci |
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Bonjour,
Si tu regardes à la page 18 de la marche à suivre (voir lien), tu vas voir qu'il y a une étape avant l'ouverture du fichier avec OpenOffice. Tu dois utiliser le petit script qui va ajouter les colonnes Refseq Transcript ID et GeneTitle tout en créant un nouveau fichier. Le scripte se retrouve dans le répertoire suivant: /UDEM/MNT/L_TMP_BAC/COURS/BCM2003/dbcm2003/TRANSCRIPTOMIQUE/bin Tu n'as qu'à utiliser l'option -h afin de voir le fonctionnement du script. Oui, tu dois traiter les résultats des deux puces d'Affymetrix (HG-U133A et HG-U133B) séparément en tout temps. Tu vas donc obtenir 2 fichiers annotés. Site Internet à visiter#1 |
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