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BCM-2003-A
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Envoyée par : Ousmane Diallo
Répondue par : Béatrice Roure
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2005-02-04
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Question
#194
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Question pour Exercice2:
Pour la question 3.2 Positions informatives:
Apres avoir fait le PRODTIST + NEIGHBOR, il est demande de faire un test
BOOTSTRAP, alors comment le fait-on? Puisqu'on ne fait pas de SEQBOOT ici, est-il possible de faire un test de bootstrap sans un seqboot initialement???
Question d'interet general a poser a la FAQ de l'agora. Merci
Beatrice ROURE
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Réponse
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Le test du bootstrap est un test statistique qui permet de verifier la robustesse des noeuds observes par une methode d'inference phylogenetique donnee : il ne donne pas la phylogenie d'un ensemble de sequences. Il faut donc proceder en 2 temps :
- inferer la phylogenie pour le jeux de sequences etudie en choisissant une des methodes d'inference (dans la seance de mercredi vous avez utiliser l'inference par une methode de distance : PRODIST+NEIGHBOR)
- tester la robustesse des noeuds de la phylogenie precedente en realisant le test du bootstrap, avec la meme methode d'inference et le meme jeu de donnees, selon le protocole en 3 etapes explique mercredi
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