|
BCM-2003-A
|
Envoyée par : Steve Lawrence
Répondue par : Béatrice Roure
|
2005-02-06
|
Question
#198
|
re: "Pour la question 3.2 Positions informatives:
Apres avoir fait le PRODTIST + NEIGHBOR, il est demande de faire un test
BOOTSTRAP, alors comment le fait-on?"
Je sais que je dois faire les tests protdist + neighbor sur "mito-12prot-info.phy" et "nuc-16prot-info.phy". Mais qu est ce que je fais avec les resultats?
Pour le test de bootstrap est-ce que je dois utiliser "mito-12prot-info.phy" et "nuc-16prot-info.phy".( les fichiers originaux) ou les outfiles de neighbor des tests precedents.
Je vous demandes ce question parce que j'ai pas compris la reponse a l'autre question qui etait semblable.
merci |
|
Réponse
|
Pour completer la reponse a la question #194 : il faut bien sur utiliser les jeux de donnees contenant uniquement les positions informatives pour toutes les etapes de la partie 3.2 , soit
- l'inference par PROTDIST+NEIGHBOR
- le test du bootstrap : SEQBOOT +PROTDIST+NEIGHBOR + CONSENSE
Pour etre valable le test du bootstrap doit etre fait dans les memes conditions (c'est a dire memes donnees, meme methode et memes options) que l'inference initiale
Le chapitre 6 (en anglais) donne dans les lectures traite notamment de la confiance que l'on peut mettre dans un arbre et des moyens pour tester cette confiance
|
| Informations |
Question consultée 5334 fois. | 4160 votes, Moyenne 3/5.0 | À vous de voter => min      max |
Étudiants
