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BCM-2003-A
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Envoyée par : Steven Lawrence
Répondue par : Béatrice Roure
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2005-02-06
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Question
#201
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!) Question de vocab
vocabulaire : un noeud = une branche ou groupements de branches
"groups" = noeuds en anglais?
C'est correct?
2) pour le Compte Rendu : est-ce que un pourcentage de mieux que 50% signifie un noeud robuste?
3) Est-ce que je puisse utiliser les arbres trouver dans le "outfile" comme preuve de robustesse?
Merci pour toute votre aide je l'apprecie beaucoup!
Steve
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Réponse
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1)Pour le vocabulaire de base en phylogenie (et en anglais), le Chapitre 2 du livre de Page donne dans les lectures semble tout indique
Simplement, un arbre est compose de noeuds (nodes) connectes par des branches (edges); les noeuds terminaux sont appeles feuilles (leaves) et correspondent aux especes. Chaque noeud correspond a une bipartition des especes.
2) Comme precise dans le cours, le pourcentage de robustesse a retenir dans le cas d'un test de bootstrap est de 95% si on s'en tient a la rigueur statistique; cependant, on se contente souvent d'une valeur de 70%
3) Bien sur, c'est le meme arbre avec les memes valeurs de bootstrap qui est retrouve dans les fichiers "outfile" et "treefile". Les 2 fichiers ne different que par le format de l'arbre :
- format texte lisible a l'oeil nu dans outfile
- format arbre parenthese qui necessite un outil de visualisation dans treefile
Remarque: des informations complementaires sont egalement disponibles dans "outfile"
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