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BCM-3514
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Envoyée par : Véronique Trépanier
Répondue par : Marie-Claude Sincennes
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2005-02-20
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Question
#214
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Bonjour,
Comment fait-on pour cartographier la position d'un nucléosome présent dans un promoteur à l'aide de la technique de l'extension d'amorce?
Merci! |
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Réponse
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Bonjour Véronique,
Je ne suis pas certaine de bien comprendre ta question. Un nucléosome est un fragment d'ADN lié par un complexe d'histones qui sont des protéines. Or, la technique d'extension d'amorce se fait à partir d'ARN, et non d'ADN. Il n'y a pas de nucléosomes présents dans l'ARN, donc par la technique d'extension d'amorce tu ne peux pas définir la position d'un nucléosome. Pour définir la position des nucléosomes, tu peux faire une digfestion partielle à la DNase (cours de Benoît Coulombe en 2e année je crois) et les régions protégées (non digérées) correspondent aux nucléosomes.
La technique d'extension d'amorce sert à cartographier la position +1 du gène, c'est-à-dire le site d'initiation de la trancription.
Pour ce faire, on doit tout d'abord connaître une partie de la séquence en ADNc du gène. On utilise une amorce marquée complémentaire à cet ADNc que l'on va hybrider avec l'ARNm. L'enzyme transcriptase inverse va synthétiser un brin complémentaire à l'ARNm et ira jusqu'à l'extrémité 3' de l'ARNm (jusqu'au début de l'ARNm), qui correspond au site d'initiation de la transcription dans le gène. Grâce à un gel de séquence, on peut déterminer la taille exacte du fragment d'ADNc synthétisé (puisqu'il est marqué) et on peut trouver dans la séquence d'ADN génomique la position exacte du site +1.
Bonne chance!
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