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BCM-2003-B
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Envoyée par : Jean-Philippe Laverdure
Répondue par : Jean-Philippe Laverdure
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2005-02-21
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Question
#216
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Un eleve a pose la question suivante:
"J'ai beaucoup de malheur a comprendre le "clustering" et les resultats des analyses Affymetrex(good match contre bad match) peut tu suggerer des resources qui puisse me l'expliquer en plus de detail." |
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Réponse
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Pour le perfect match Vs le mismatch... Tu pourrais trouver des livres de biologie moleculaire ou l'on discute d'hybridisation d'ADN ou encore de PCR... En gros: l'ADN est une molecule a DOUBLE brin (direct et complementaire) l'appariement du double brin se fait en fonction de la sequence de nucleotides (en gros on dira que les "C" s'apparient uniquement avec les "G" et les "T" uniquement avec les "A" et vice-versa). Or dans la realite, lors d'experiences dont la technique repose sur l'hybridation d'un simple brin avec son brin complementaire, on observe souvent ce que l'on appelle de l'hybridation NON-SPECIFIQUE (genre un T qui s'apparie avec un G ou autre "mismatch" de ce genre). Dans des experiences de micropuces, on qualifie ces hybridations non-specifique de "bruit de fond" et ce bruit de fond interfere avec l'analyse des donnees d'hybridation specifiques. Affymetrix a donc decide de remedier au probleme en se servant de deux types d'oligos: les PM et les MM. Les oligos d'affymetrix sont d'une longueur de 25 nucleotides. Or les probes PM correspondent a un brin complementaire parfait pour la region a hybrider et les probes MM correspondent au probe PM mais avec le nucleotide central (position 13) modifie. Selon les regles de thermodynamique expliquant l'appariement des brins d'ADN ou d"ARN entre eux, un "mismatch" a cet endroit (le milieu du brin) cause un maximum d'instabilite au moment de l'hybridation .
Ceci permet donc, pour chaque probe, d'obtenir une idee de la quantite d'hybridation non-specifique ayant eu lieu. Typiquement, nous soustraieront les valeurs obtenues pour le probe MM de la valeur obtenue pour le probe PM afin d'obtenir la "vraie" valeur d'expression associee au gene.
Toutes ces infos sont disponibles sur le site d'Affy (voir plus bas)
Pour ce qui est du clustering, nous en parlerons plus au prochain cours alors garde tes questions pour mercredi !
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