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BCM-2003-B
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Envoyée par : Ousmane Diallo
Répondue par : Jean-Philippe Laverdure
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2005-03-08
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Question
#246
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Quand j'essaie d'exporter le fichier obtenu sur netfix pour obtenir la liste d'accession, le systeme m'offre 2 seuls types de format possibles (html et stv), est-ce qu'il y'a une maniere particuliere pour pouvoir exporter le fichier en fasta, car sur toucan ca demande les formats .html et .stv ne sont pas reconnus.
Merci! |
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Réponse
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Le format .tsv (Tab Separated Values) est en fait un format texte que vous pouvez renommer "export.txt" par exemple et l'ouvrir dans Excel pour le modifier par la suite... (Excel reconnait aussi les .tsv)
Vous ne pourrez pas l'ouvrir directement dans Toucan car vous devez le modifier afin de presenter uniquement une liste de numero d'accession distincte et non la "table" de donnees que NetAffx exporte...
En passant, si vous voulez vous servir de Toucan pour recuperer les sequence des promoteurs, je vous suggere d'utiliser des numero d'accession ENSEMBL . Si vous voulez vous servir de Promoser, utilisez les numero RefSeq du NCBI
Pour utiliser Toucan, je vous encourage fortement a lire le Tutoriel #1 sur le site de Toucan qui resssemble beaucoup a ce que l'on vous demande de faire !
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