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BCM-2003-B
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Envoyée par : Steve
Répondue par : Jean-Philippe Laverdure
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2005-03-13
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Question
#257
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Pour preparer les donnees pour utiliser avec GenMapp je l'ai fais EXACTEMENT comme dans le pdf que tu as laisser en-ligne.. GenMapp trouve aucune erreurs dedans..c'est pourquoi je t'ai demander d'ecrire les etapes que on a suivi en classe...
Tu as eliminer la moitie des details...tu as laisser seulement les trois colonnes ( deux A et une B) plus le probeset id et une colonne des 'X's c'est vrai?Combien de rangees doit je avoir? J'ai eliminee tous les vergules.
Ca fonctionne en classe mais pas ici.
Pour le devoir pourriez vous me donner une indice comment combiner Affymetrix et 2spot array... parce que j'ai fais beaucoup de recherche en ligne sur des techniques de transcriptomique et j'en ai pas trouver qqn qui utilise les deux ensembles. Ils font plus ou moins la meme chose.
Merci pour votre temps. |
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Réponse
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Les seules modifications necessaires sont les suivantes:
1- elimination de la colonne qui se trouve avant les probesets (ie: original row ou qqe chose comme ca). Cette colonne est ajoutee par TMeV et doit etre eliminee.
2- Ajout d'une colonne de X majuscules a droite des probeset ids
3- Elimination des "." dans les en-tetes des colonnes.
Aucune autre modification n'est necessaire ! (le nombre de colonnes a conserver par la suite depend uniquement de ce que tu as besoin pour realiser ton analyse... ie les moyennes des 2 groupes )
Pour ce qui est des erreurs, si GenMAPP n'en trouve pas , tentez quand meme de poursuivre l'analyse. Il devrait y en avoir mais les logiciels ne fonctionnent pas tjrs a perfection... Il se pourrait que vous puissiez faire le reste de l'analyse sans problemes.
Les gens en general n'emploie qu'une des deux methodes. Sylvain vous a demende de "creer" une structure d'utilisation des technologies permettant de tirer profit des avantages de chacune et de minimiser l'impact des desavantages de chacunes. Je peux pas vraiment donner plus de details sans donner la reponse ! (Ceci dit, il n'existe pas vraiment une "reponse parfaite" a ce travail !)
N'oubliez pas que le but est de concevoir un outil diagnostique utilisable... ceux-ci doivent generalement etre peu dispendieux...
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