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BCM -
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Envoyée par : Abdulkerim Hassen
Répondue par : Alexandre Viau
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2005-03-24
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Question
#262
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Bonjour je voudrais avoir plus d'information sur la technique:
Primer extension analysis.
C'est-à-dire comment elle fonctionne et ça sert à quoi. |
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Réponse
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Bonjour,
La technique d'extension d'amorces à plusieurs noms/variantes :
– Extension d’amorce
– Primer extension
– Single Nucleotide Primer Extension (SNuPE)
– Minisequencing
– Single Base Extension (SBE)
– Primer Oligo Base Extension (PROBE)
– Very Short Extension (VSET)
– Arrayed Primer Extension (APEX)
– Template Directed dye terminator Incorporation (TDI)
Le principe général de cette technique est d'identifier des polymorphismes (mutation ponctuelle entre les différents allèles d'une population). On utilise une courte amorce située très près de l'endroit où il y a le polymorphisme. On fait ensuite un réaction de polymérisation avec un mélange de dNTP normaux et de ddNTP marqués avec des fluorophores. Je vais vous donner l'exemple d'une technique de PROBE, mais plusieurs variantes existent et j'ai mis un lien vers un document en français qui en explique quelques-unes.
Dans le PROBE, on prépare une mélange contenant une amorce spécifique et trois dNTP normaux (ici A,T et G). On ajoute au mélange un ddNTP marqué (ici C) qui terminera la chaîne si il est incorporé. On ajoute ensuite de la polymérase et une séquence à analyser. Selon l'allèle analysé, on va obtenir un fragment plus court ou plus long et on va pouvoir séparer ces fragments par HPLC et déterminer quel allèle était présent ou la proportion d'un mélange d'allèle.
C'est une technique très puissante pour étudier rapidement les allèles connus de certaines maladies chez l'homme pour par exemple faire des diagnostiques prénataux.
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