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Espace Étudiants : Banque de Questions/réponses

Sélection actuelle : BCM-2003-C Sélectionner : Toutes les sections BCM - Questions générales BCM-1501-A Section générale- Origine biochimique de la vie BCM-1502 Métabolisme I BCM-1503 Acides nucléiques et génétique 1 BCM-1521 Partie Théorique-Travaux pratiques de biochimie 1 BCM-2501 Protéines BCM-2504 Enzymologie BCM-3514 Régulation de l'expression génique GEN - BIBLIO Recherche Bibliographique Rechercher le mot : ou le # de Question : Il y a 1 éléments répertoriés.  Précédent | 1 | Suivant
BCM-2003-C Envoyée par : Lilianne Répondue par : Mathieu Coinçon 2005-04-01 Question #264 Bonjour, j'effectue: pdb2gmx -f epingle.pdb -o epingle.gro -p epingle.top Choix du champ de force : #2 : GROMOS96 43a2 forcefield (development) improved alcane dihedral Après quelques analyses, le programme me donne un message d'erreur "Warning: 'AR 1 not found in residue topology database, trying to use 'AR' Puis c'est une erreur fatale, car il ne trouve par HN1 in residue AR...bla bla... maybe different protonation state. ?? Réponse Tu n'as pas mute le residu AR en ARG et donc le programme ne le reconnait pas. Si tu fais la mutation tout devrait aller. Attention aussi, je pense que tu n'as pas utilise une version recente du site. Il y a eu des modification comme par exemple le numero du champ de force (il n'y pas beaucoup de difference entre le 0 et le 2 mais bon utilise plutot le 0. Bon courage. Informations Question consultée 5738 fois. | 4484 votes, Moyenne 3/5.0 | À vous de voter => min max
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