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BCM-2003-A
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Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique
Répondue par : Jean-Christophe Grenier
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2009-02-03
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Question
#500
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Au sujet du devoir 1b.
Pour les arbres inférés à partir d'un modèle de distance, nous n'obtenons de "Tree length".
La réponse à une question posée précédemment à ce sujet indique qu'il faut mesurer cette hauteur à partir de la longueur des branches. Cependant, l'affichage de la longueur des branches ( avec brlens ), donne des valeurs comprises entre 0 et 1 et indique une somme de l'ordre de quelques unités ( ex. 4.11 ).
Si on regarde l'arbre créer par la méthode de parcimonie, le "Tree length" est de l'ordre des milliers (ex. 5815).
Pourriez-vous expliquer comment on obtient une hauteur d'arbre raisonnable à partir d'une inférence de distance ( ou comment interpréter la sommes des longueurs de branches, si celle-ci est effectivement la hauteur de l'arbre).
Merci |
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Réponse
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Effectivement, il est très difficile de comparer deux méthodes différentes par rapport à la longueur des branches. La méthode de parcimonie nous montre combien de substitutions il y a eu sur les caractères le long des branches alors que la méthode de distance nous montre autre chose selon la méthode utilisée. Il faut alors remettre à l'échelle la taille des arbres selon le calcul de distance du programme. Une bonne approximation serait que la distance obtenue (ex: 0.3) soit le nombre de substitution par site.
Les longueurs de branches peuvent être comparées entre les différentes méthodes de distances et entre les différents jeux de données et en venant remettre à l'échelle si on veut comparer distance et parsimonie.
Il est possible d'afficher la longueur des branches avec l'option "brlens" dans describetrees.
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