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Sélection actuelle : BCM-2003-A

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BCM-2003-A Envoyée par : Steve Lawrence Répondue par : Béatrice Roure 2005-02-11
Question
#205
pour le exercise 3

quand je rentre "mammalia-mito.tre" dois je seulement changer l'option "u" ou changer tous les options comme dans"mito-12-prot.phy"

eg "D,I,M,R, A, N 0.3, Y"

Je l'essayais des deux facons et ca ma donnais
". Problem with sequence format"

merci
Steve
Réponse il faut utiliser toutes les options avec l'option U en plus, pour preciser l'arbre que PHYML doit utiliser en entree pour proceder aux echanges de NNI

Entre les 2 inferences par PHYML sur le jeu de sequences mitochondriales, l'arbre initial est le seul parametre qui doit doit varier

Pour le message d'erreur, je ne vois pas de probleme : je viens de refaire tout le protocole a partir du telechargement des donnees sur le site web et je n'ai pas d'erreurs. Il faut peut-etre telecharger a nouveau les donnees au cas ou le fichier serait abime.


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