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BCM-2003-A
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Envoyée par : Steve Lawrence
Répondue par : Béatrice Roure
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2005-02-11
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Question #205
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pour le exercise 3
quand je rentre "mammalia-mito.tre" dois je seulement changer l'option "u" ou changer tous les options comme dans"mito-12-prot.phy"
eg "D,I,M,R, A, N 0.3, Y"
Je l'essayais des deux facons et ca ma donnais
". Problem with sequence format"
merci
Steve
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Réponse
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il faut utiliser toutes les options avec l'option U en plus, pour preciser l'arbre que PHYML doit utiliser en entree pour proceder aux echanges de NNI
Entre les 2 inferences par PHYML sur le jeu de sequences mitochondriales, l'arbre initial est le seul parametre qui doit doit varier
Pour le message d'erreur, je ne vois pas de probleme : je viens de refaire tout le protocole a partir du telechargement des donnees sur le site web et je n'ai pas d'erreurs. Il faut peut-etre telecharger a nouveau les donnees au cas ou le fichier serait abime.
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